Honduras, eines der traditionsreichsten Kakaoanbaugebiete der Welt, erlitt 1998 enorme Zerstörungen durch einen Hurrikan. Zahllose Kakaopflanzungen wurden verwüstet, viele Familien von Kakaobauern stiegen auf Viehzucht um und rodeten dafür wertvolle Waldflächen. Zusammen mit Coop, der Direktion für Entwicklung und Zusammenarbeit (DEZA) und Helvetas lancierte HALBA 2008 in Honduras ein Projekt zur Wiederbelebung des Kakaosektors und zum Erhalt verschiedener Edelkakaosorten.
HALBA unterstützt die Bäuerinnen und Bauern dabei, sich in Kooperativen zu organisieren und die Pflanzungen mittels Agroforstwirtschaft neu aufzubauen. Um die Handelsbeziehung zu vereinfachen und die Bäuerinnen und Bauern vor Ort besser zu unterstützen, gründete HALBA im Jahr 2013 die Tochterfirma Chocolats Halba Honduras. Diese organisiert unter anderem Ausbildungen für nachhaltigen Kakaoanbau und zur Steigerung der Kakaoqualität. Ausserdem leitet die Tochterfirma Chocolats Halba Honduras ein Aufforstungsprojekt, mit dem HALBA ihre betrieblichen CO₂e-Emissionen kompensiert.
Seit 2019 unterstützt HALBA die Tochterfirma Chocolats Halba Honduras beim Wechsel von den bisherigen Agroforstsystemen zum Modell der dynamischen Agroforstwirtschaft (DAF). Der grundlegende Unterschied zum bisherigen Anbau ist, dass ein DAF-System eine viel höhere Diversität und Dichte an ein- und mehrjährigen Pflanzen aufweist und somit ausreichend organisches Material produziert, sodass keine Dünger oder Pflanzenschutzmittel benötigt werden.
Im Jahr 2021 konnte HALBA die Partner United States Agency for International Development (USAID, Behörde der Vereinigten Staaten für Entwicklungszusammenarbeit) und die Direktion für Entwicklung und Zusammenarbeit (DEZA) für das Projekt gewinnen. Zurzeit bauen 76 Kakaobäuerinnen und -bauern auf 38 Hektaren zu DAF-Bedingungen an.